La version 5 del Packet Tracer esta disponible nativamente para Linux, por lo que ya no es necesario emular la version de Windows. Si usas un sistema Linux de 64 bits, previamente tienes que instalar las librerias de compatibilidad de 32 bits. Mirar aca:
http://cquispe.blogspot.com/2008/10/instalando-packet-tracer-5.html
Para poder tener el Packet Tracer en Linux debemos instalar wine.
En Debian simplemente escribimos:
aptitude install wine wine-utils
Luego:
wine /home/christian/Packet_tracer.exe
Y aparecera el tipico instalador de windows.
empezando la instalacion de packet tracer
El tipico wizard, click en siguiente
Instalacion en Curso
Una red de prueba, todo funciona ok
Incluso tenemos el Packet tracer dentro del menu del KDE
